현재 일본에서는 동북부 대지진의 영향으로 강한 진동을 동반한 여진이 끝없이 이어지고 있다. 4월 11일, 일본 동북지역에 규모 7.0지진에 이어 12일에도 규모 6이 넘는 커다란 여진이 피해지를 덮쳤다. 12일 일본 기상청은, 이날 오후 3시까지 규모 5이상의 여진이 410회를 넘었다고 발표했다. 일본에서 발생하는 지진의 연간평균(155회)을 한달만에 두 배 이상 넘긴 수치다. 이에 대해 전문가들은 세계 최대급인 규모 9를 기록한 지진으로 인해 일본 지각균형이 무너져 거대한 에너지 분출의 영향으로 여진이 계속되고 있다고 분석했다. 기상청은 대지진 이후 3월 20일부터 4월 10일까지 진도 1이상의 여진 횟수는 1일 33~100회로 추정하고 있다. 여진이 발생하는 지역은 동서 약 200킬로미터, 남북 약 500킬로미터를 범위로 보고있으며 "향후 대규모 여진은 어디에서도 발생할 수 있다. 진도 7을 넘는 강진이 발생할 것으로 가정하고 대책을 세우는 것이 필요하다"하다고 말하고 있다. 강한 여진이 계속되는 원인에 대해서 , 도쿄대지진연구소의 고우케츠 교수(응용지진학)는 "여진은 보통 본 지진의 영향으로 단층이 어긋나거나 뒤틀리면서 또다른 단층에 영향을 끼쳐 발생하게 되는데, 이번 지진(3.11대지진)은 워낙 영향력이 크고 넓어 여진이 각지에서 발생하는 것으로 보인다. 여진은 보통 본 지진보다 규모 1 정도 줄어든 크기로, 향후 규모 7이상 여진 발생가능성은 충분하다. 규모 5이상 지진도 셀 수 없이 찾아올 것"이라고 설명했다. 또한 "본 지진의 규모가 너무 커서 여진은 몇 년간에 걸쳐 이어질 것으로 예상된다"고 분석했다. 한편, 쓰나미에 대해서는 "일본 동북부 대지진 쓰나미는 광범위한 해저가 단시간에 변동하면서 발생했다. 이후에도 규모 8이상의 여진이 해저에서 일어날 경우 커다란 쓰나미가 올 위험이 있다. 이것에 대비할 필요가 있다"고 동북대지진・분화예지연구관측센터의 우미노 노리히코 교수(지진학)는 경고했다.
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